计算等位基因频率有两种方式，第一种用vcftool计算： /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行，file.vcf指的是你要输入的vcf文件，--freq表示计算等位基因频率，--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体，当然，你也可以选择...
全基因组关联分析流程： 一、准备plink文件 1、准备PED文件 PED文件至少有六列，内容如下： Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female; other=unknown) Phenotype(-9 missing 0 missing 1 unaffecte...
本系列文章采用的数据集与代码来自https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial。 该教程获得了许多人的推荐，是一份很详细的step-by-step guide。 本文将介绍该教程中的QC部分（1_QC_GWAS.zip），后续或将继续添加有关QC的其他细节。 0. 目录 目录 0. 目录 1. 准备 2. 数据简介...