摘要：
计算等位基因频率有两种方法。第一种方法是使用vcftool:/path/to/vcftools--vcffile Vcf--freq--chr1--outfilefreq一个简单的命令行，文件Vcf引用要输入的Vcf文件。--freq表示计算等位基因频率。——chr之后的1表示要计算的区域在1号染色体上。当然，您也可以选择要计算的染色体区域。Filefreq指的是要输出的文件名。
计算等位基因频率有两种方式，第一种用vcftool计算：
/path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq
很简单的一个命令行，file.vcf指的是你要输入的vcf文件，--freq表示计算等位基因频率，--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体，当然，你也可以选择你想计算的染色体区域，filefreq指的是输出的文件名。
结果如下图所示：
第二种用plink计算：
/path/to/plink-1.07-x86_64/plink --noweb --bfile file --freq --out filefrquency
效果如下图所示：
.frq (basic allele frequency report)
Produced by --freq. Valid input for --read-freq.
A text file with a header line, and then one line per variant with the following six fields:
CHR | Chromosome code |
SNP | Variant identifier |
A1 | Allele 1 (usually minor) |
A2 | Allele 2 (usually major) |
MAF | Allele 1 frequency |
NCHROBS | Number of allele observations |