Snp

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Sun C, Dong Z, Zhao L, et al. The Wheat 660K SNP array demonstrates great potential for marker‐assisted selection in polyploid wheat[J]. Plant Biotechnology Journal, 2020, 18(6):...

文献阅读 | Fine definition of the pedigree haplotypes of closely related rice cultivars by means of genome-wide discovery of single-nucleotide polymorphisms

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GWAS学习笔记(一) | 质量控制(QC)

本系列文章采用的数据集与代码来自https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial。 该教程获得了许多人的推荐,是一份很详细的step-by-step guide。 本文将介绍该教程中的QC部分(1_QC_GWAS.zip),后续或将继续添加有关QC的其他细节。 0. 目录 目录 0. 目录 1. 准备 2. 数据简介...

SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

 【怪毛匠子 整理】 samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件   system"samtools view -bS map.sam > map.bam";   #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam   system"samtools so...