SYNOPSIS samtools view -bt ref_list.txt -o aln.bam aln.sam.gz samtools sort -T /tmp/aln.sorted -o aln.sorted.bam aln.bam samtools index aln.sorted.bam samtools idxstats aln.sorted...
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件， 能够快速的提取任意区域的序列 用法： samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外， 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCA...
【怪毛匠子 整理】 samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步：把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步：sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools so...