摘要：
R包经常遇到不同版本的不兼容性。例如，与软件包相比，当前版本无论是新的还是旧的都很麻烦。最麻烦的是如何升级R软件？包括以下方法：方法1：（1）直接安装新版本（2）将旧版本库中的文件夹复制到新版本库文件夹并粘贴。如果中间有重复的名称，则不会被覆盖（需要更新基本包）。（3） 打开新版本的R并输入：update。程序包（）以静默等待更新
R包经常会遇到各种版本不兼容的毛病，比如当前的版本相较于包，新了/旧了都是麻烦
而升级R软件呢，最麻烦的就是之前安装的包怎么办？
搜罗了以下几种方法：
方法1：
（1）直接安装新版本
（2）然后复制旧版本的library中的文件夹到新版本的library文件夹下，粘贴。
如果中间跳出有重名的，就不覆盖（基础包是需要最新的）。
（3）打开新版的R，输入：
update.packages()
默默等待更新即可
（不过我其实不建议这种方式，他会不断的跳出来，让你选择y/n/c 是/否/取消）
直接选择程序包——更新程序包，应该就可以了吧？
方法2
使用installr包
所以，还没开始，似乎结局已经注定
如果是这样，我不知道其意义何在呢？
不过呢，按照其他参考资料而言，应该还是很简便的
（参考资料的发布时间最在的在2014，晚一点的也在2015，看来这个包也是经过了不少改动啊）
http://wanglongqi.github.io/r/2014/11/04/installR/（Posted on 04 Nov 2014）
方法3
在旧版本下的控制输入：
olib <- installed.packages()[,"Package"]save(olib, file="oldRpackages.txt",ascii=T)
也就是，在旧版本下，读入了所有已安装的扩展包
我将后缀名保存为txt，并设置ascii参数为T，是为了能打开，打开能识别编码。恩，最好使用editplus打开，不然直接用txt，格式看起来混乱。
上述语句要在卸载旧版本之前运行，然后，上述语句运行完，会在当前的工作空间（getwd()查看）文件下生成一个oldRpackages.txt文件
安装新的R，然后在新的R中输入：
> load("oldRpackages")> chooseCRANmirror() #我先选择设置镜像，才出现此代码> tobeinstalled <- setdiff(olib, installed.packages()[,"Package"])> biocLite(tobeinstalled)错误: 没有"biocLite"这个函数
使用??biocLite，也是not fund
但事实上不是这样的，输入：（这是因为，他们所用的镜像，是生物信息自己的镜像，会加载包）
load("oldRpackages")source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.3/bioc/bin/windows/contrib/3.3/BiocInstaller_1.22.1.zip'Content type 'application/zip' length 58128 bytes (56 KB)downloaded 56 KBThe downloaded binary packages are inC:UsersxuanAppDataLocalTempRtmp6dKreMdownloaded_packagesBioconductor version 3.3 (BiocInstaller1.22.1), ?biocLite for helptobeinstalled <- setdiff(olib, installed.packages()[,"Package"])biocLite(tobeinstalled)
BioC_mirror: https://bioconductor.orgUsing Bioconductor 3.3 (BiocInstaller 1.22.1), R 3.3.0(2016-05-03).Old packages: 'Rcpp', 'survival'Update all/some/none?[a/s/n]:a（自己输入选择）
报错了........
综上所述，我觉得，在方法2可用的情况下，可以使用2 ，否则，我还是更愿意使用方法1.
卸载，进入安装文件，找到unins000.exe
卸载完后，library文件夹还会残留下来，但是，此时残留的仅仅是扩展包，其他的核心基础包，都木有啦。
安装：
（我手贱，一开始自己选了Plain text，结果帮助文档是在一个控制台一样的窗口输出的，不方便啊，无法缩放，窗口切换也麻烦）
