转录本组装软件StringTie的使用说明

转录组分析流程 HISTA + StringTie 组合。其Protocol 发表在Nature Protocol 上“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 

其中StringTie 在组装转录本的完整度，精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升。

StringTie 使用说明:

  stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <label>] [-o <out_gtf>] [-p <cpus>]

  [-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <min_tlen>] [-j <min_anchor_cov>] [-f <min_iso>]

  [-C <coverage_file_name>] [-c <min_bundle_cov>] [-g <bdist>] [-u]

  [-e] [-x <seqid,..>] [-A <gene_abund.out>] [-h] {-B | -b <dir_path>}

  选项:

    --version : 输出软件的版本信息

    -G 参考序列的基因注释文件 (GTF/GFF3)

    -l 输出转录本的名称前缀 (default: STRG)

    -f 最少转录本的比例 (default: 0.1)

    -m 组装转录本的最小长度 (default: 200)

    -o 组装转录本的GTF注释文件 (default: stdout)

    -a 连接位点锚定序列的最小长度 (default: 10)

    -j 连接位点的最小覆盖度 (default: 1)

    -t 基于覆盖度对预测的转录本进行修正 (default: coverage trimming is enabled)

    -c 组装转录本的reads最小覆盖度(default: 2.5)

    -v 输出log 信息

    -g 比对上的reads 间距大于阀值则新城一个新的转录束 (default: 50)

    -C 输出参考转录本中被reads 覆盖到的转录本

    -M 转录束允许多比对reads覆盖的最大占比 (default:0.95)

    -p 线程（CPU)数 (default: 1)

    -A 基因丰都输出文件

    -B 在输出的GFT同目录下输出Ballgown table 文件

    -b 在 <dir_path> 目录下输出Ballgown table 文件 

    -e 只对参考转录本进行丰都评估 (requires -G)

    -x 不在参考序列区域组装任何的新转录本

    -u 多比对校正 (default: correction enabled)

    -h 输出软件的帮助信息

转录本合并模式使用说明:

  stringtie --merge [Options] { gtf_list | strg1.gtf ...}

  选项

    -G <guide_gff>   参考转录本的注释信息 (GTF/GFF3)

    -o <out_gtf>     合并转录本的GTF输出文件 (default: stdout)

    -m <min_len>     合并转录本的最小长度(default: 50)

    -c <min_cov>     合并转录本的最低覆盖度(default: 0)

    -F <min_fpkm>    合并转录本的最小FPKM值(default: 1.0)

    -T <min_tpm>     合并转录本的最小TPM值(default: 1.0)

    -f <min_iso>     isoform 最小比例(default: 0.01)

    -g <gap_len>     转录本见GAP长度小于阀值则合并两转录本 (default: 250)

    -i               允许合并转录本中有内含子保留; by default

    -l <label>       输出的转录本名称前缀 (default: MSTRG)