全基因组测序及数据分析基础

摘要：

有很多过程，结果会有一些差异，特别是对于低频变化。如果你注意低频站点，你可以比较几个过程。事实上，SV结果将包括CNV，但CNV通常单独取出进行分析。第二代短读对SNV和InDel突变检测敏感，而第三代测序由于其读取长度优势，可以更有效地检测SV和CNV突变，因此将它们结合起来进行检测。

华大的春季培训课程之一：https://ke.qq.com/course/1128997?taid=7160092735650341，我认为讲得很好，介绍全面而详细，加了一些个人经验（侵删）。

QQ截图20200328223157.png

QQ截图20200328223223.png

QQ截图20200328223425.png

QQ截图20200328224532.png

QQ截图20200328224542.png

QQ截图20200328224826.png

QQ截图20200328224954.png

QQ截图20200328225002.png
流程众多，对于结果会有一些差异，尤其是对低频变异。如果很关注低频位点，可多种几款流程比较。
QQ截图20200328225046.png

QQ截图20200328225159.png

实际上SV结果中会包含CNV，但往往会把CNV单独拿出来分析。

QQ截图20200328225321.png

QQ截图20200328225410.png

QQ截图20200328225522.png
注：SOAPnuke的f和r参数不要写反，即正反链。

QQ截图20200328225541.png

QQ截图20200328225655.png

QQ截图20200328225718.png

QQ截图20200328225834.png

QQ截图20200328225907.png

QQ截图20200328225953.png

QQ截图20200328230030.png

QQ截图20200328230120.png

QQ截图20200328230154.png

QQ截图20200328230205.png

QQ截图20200328230256.png

QQ截图20200328230341.png

QQ截图20200328230417.png
红框：群call步骤。
QQ截图20200328230430.png

QQ截图20200328230526.png

QQ截图20200328230706.png

QQ截图20200328230936.png

QQ截图20200328230956.png

QQ截图20200328231035.png

QQ截图20200328231146.png

QQ截图20200328231153.png

QQ截图20200328231214.png

QQ截图20200328231235.png

QQ截图20200328231322.png

QQ截图20200328231605.png

QQ截图20200328231640.png

QQ截图20200328231722.png

QQ截图20200328231748.png

QQ截图20200328231823.png

QQ截图20200328231855.png

QQ截图20200328231921.png

QQ截图20200328231957.png

QQ截图20200328232035.png
二代短reads对于SNV和InDel变异检测敏感，而三代测序由于其读长优势更能检测出SV和CNV变异（尤其大于50bp以上的），因此二者结合检测。
QQ截图20200328232122.png

QQ截图20200328232159.png

QQ截图20200328232235.png

QQ截图20200328232359.png

免责声明：文章转载自《全基因组测序及数据分析基础》仅用于学习参考。如对内容有疑问，请及时联系本站处理。

上篇MySQL连接报错2059.Net基础：ASP.NET中的session存储模式运用下篇

宿迁高防，2C2G15M，22元/月；香港BGP，2C5G5M，25元/月雨云优惠码：MjYwNzM=

相关文章

DbVisualizer数据库驱动连接问题

今天使用数据库查询工具DBvis链接mysql数据库时，发现执行如何sql语句，都报如下错误： mysql驱动包的版本不对导致的。我的mysql版本是5.7 解决办法：去mysql官网下载最新的jar驱动包然后更新就行. url:http://dev.mysql.com/downloads/connector/j/ 选择平台，下载(mysql-c...

Python利用openpyxl带格式统计数据（2）- 处理mysql数据

上一篇些了openpyxl处理excel数据，再写一篇处理mysql数据的，还是老规矩，贴图，要处理的数据截图：再贴最终要求的统计格式截图：第三贴代码： 1 ''' 2 #利用openpyxl向excel模板写入数据之mysql篇 3 ''' 4 #写mysql的 5 import xlwt 6 import xlrd 7 i...

pandas数据框，统计某列或者某行数据元素的个数

版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 by-sa 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。本文链接：https://blog.csdn.net/sinat_38893241/article/details/80414977在《pandas数据框，统计某列数据与其他文件对应关系的个数》之后，我发觉简单版的元素个数统计问题没有说清楚，就在这里介绍...

Elasticsearch logstsh测试数据新增和修改

1、将MySql中修改的数据同步到ES中修改mysql中的数据 logstash中看到日志，修改的数据已经同步。查看elasticsearch的数据可以看到，ES中已经同步了MySql中的数据修改。补充问题： 1、Logstash时间不是标准时间 2、Logstash与数据库时间相差8小时修改conf默认时区为上海 cd /usr/loca...

Kaggle大数据竞赛平台入门

Kaggle大数据竞赛平台入门大数据竞赛平台,国内主要是天池大数据竞赛和DataCastle,国外主要就是Kaggle.Kaggle是一个数据挖掘的竞赛平台,网站为:https://www.kaggle.com/.很多的机构,企业将问题,描述,期望发布在Kaggle上,以竞赛的方式向广大的数据科学家征集解决方案,体现了集体智慧这一思想.每个人在网站上注册...

MySQL空间数据的保存

MySQL支持空间数据的存储，再做数据存储时，可以直接将数据转为WKT格式。 WKT几何对象表示的示例（请注意,点坐标对以逗号分隔）： POINT(6 10)LINESTRING(3 4,10 50,20 25)POLYGON((1 1,5 1,5 5,1 5,1 1),(2 2,2 3,3 3,3 2,2 2))MULTIPOINT(3.5 5.6, 4...

最新文章

随机推荐