GWAS 画曼哈顿图,QQ plot,膨胀系数manhattan、Genomic Inflation Factor

摘要:
换句话说,λ定义为得到的卡方检验统计量的中值除以卡方分布的预期中值。预期的P值膨胀系数为1,当实际膨胀系数越偏离1,说明存在群体分层的现象越严重,容易有假阳性结果,需要重新矫正群体分层。

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膨胀系数lambda的解读:

基因组膨胀因子λ定义为经验观察到的检验统计分布与预期中位数的中值之比,从而量化了因大量膨胀而造成结果的假阳性率。换句话说,λ定义为得到的卡方检验统计量的中值除以卡方分布的预期中值。预期的P值膨胀系数为1,当实际膨胀系数越偏离1,说明存在群体分层的现象越严重,容易有假阳性结果,需要重新矫正群体分层。

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